Recentemente, la metagenomica emersa come un'alternativa ai metodi di screening microbiologico convenzionali, poich consente di studiare in modo esaustivo le comunit microbiche nel loro ambiente naturale. Questa tecnica stata utilizzata per valutare l'estensione e la diversit dei meccanismi di resistenza nelle comunit microbiche associate alla rizosfera di Erica andevalensis, un'erica estremofila endemica del fiume Rio Tinto, in Spagna. A tal fine, abbiamo costruito una libreria metagenomica utilizzando il plasmide pBluescript SKII+ come vettore di clonazione, accettando inserti di dimensioni comprese tra 2500 bp e 8000 bp (coppia di basi). La nostra libreria conteneva 60.000 cloni, ai quali abbiamo sottoposto quattro antibiotici: acido nalidixico, tetraciclina, streptomicina e kanamicina. Contro questi, abbiamo isolato un clone resistente con una MIC = 10μg/ml. Il sequenziamento dell'inserto e la successiva analisi bioinformatica hanno rivelato che si tratta di un'aminoglicoside fosfotransferasi APH III che agisce per disattivazione della fosforilazione dell'antibiotico.
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